Ta przepiękna świątynia jest najstarszym zachowanym kościołem Kłodzka. Podziwiając jej przebogatą architekturę, dekoracje i wyposażenie wnętrza jesteśmy światkiem pasjonującej historii budowli.

Pierwsze wzmianki o budowie kościoła w tym miejscu pochodzą jeszcze z 1194 r.. Przypuszczalnie jednak był to wtedy jeszcze bardzo skromny, drewniany kościółek. Kamień węgielny pod obecną budowlę położyli w 1344 r. kłodzcy joannici. Ziemia Kłodzka, będąca częścią Królestwa Czeskiego, znalazła się wówczas pod względem kościelnym w nowoutworzonym arcybiskupstwie praskim. Właściwa budowa kościoła rozpoczęła się jednak dopiero po śmierci jego głównego fundatora – pierwszego arcybiskupa praskiego Arnosta z Pardubic. Umierając w 1364 r. zapisał on znaczne sumy pieniędzy na kontynuowanie budowy. Zmienne koleje losu, nieustanne wojny i pożary jakie nawiedzały miasto sprawiły, że budowa kościoła stale się przedłużała. Do czasu wojen husyckich zdołano podciągnąć mury trójnawowej bazyliki. Prace wznowiono w 1462 r. Zaczęto wtedy budowę wieży południowej zwanej Białą. Na jej zewnętrznych schodach zachował się do dnia dzisiejszego znak krzyża maltańskiego i data 1465. W rzeczywistości jednak jej budowa zakończyła się trzy lata później. Wieżę północną – Czarną - budować rozpoczęto w 1487 r., ale ukończono dopiero w wieku XVI. Tak więc na charakterze architektury i wystroju wnętrza kłodzkiej świątyni zaważył najmocniej późny gotyk, oraz przede wszystkim barok.

Z Arnostem z Pardubic, głównym fundatorem kościoła parafialnego związanych było szereg legend. Przez mieszkańców Kłodzka uważany był on za świętego, choć nigdy nie doczekał się kanonizacji. Podobno w czasie swojej młodości, gdy uczęszczał do kłodzkiej szkoły joannitów, był światkiem cudu który na zawsze odmienił jego życie. Młody Arnost, jako syn  kłodzkiego kasztelana pysznił się swoim pochodzeniem. W czasie odbywającego się nabożeństwa, gdy śpiewał wspólnie z kolegami hymn „Salve Regina”, zobaczył jak stojąca w ołtarzu głównym figura Matki Boskiej odwróciła od niego twarz. Jak głosi legenda późniejszy arcybiskup przeżył wtedy duchową odmianę i stał się wielkim czcicielem Matki Boskiej.

Cuda zdarzały się podobno również po jego śmierci. Arcybiskup, zgodnie z własnym życzeniem, został pochowany w krypcie książęcej ufundowanego przez niego kościoła Wniebowstąpienia NMP. Na posadzce nad kryptą postawiono wyrzeźbiony w piaskowcu nagrobek przedstawiający postać Arnosta. Został on umieszczony na Tumbie, która została wykonana z czerwonego marmuru. Wkrótce jednak w tajemniczych okolicznościach dopiero co postawiony nagrobek popękał. Ówcześni uznali, że jest to wynik jakiejś nadludzkiej siły.. Na dodatek dwukrotnie w 1468 r. z nagrobka arcybiskupa wyciekać zaczął tajemniczy olej. Podobno posiadał on tajemnicze właściwości: wydzielał miły zapach, nie palił się i nie pływał na wodzie. Kłodzczanie uznali że ma on cudowne właściwości. Było go tak dużo, że mieszkańcy zbierali go łyżkami do naczyń. Był to bardzo trudny okres dla Kłodzkich katolików, ponieważ w Hrabstwie Kłodzkim nie odbywały się wtedy msze św., pochówki, ani kazania. Na mieście ciążyła klątwa, którą rzucił papież na króla Jerzego z Podiebradu. Był on husytą i właścicielem hrabstwa kłodzkiego. Cudowny olej był dla mieszkańców dowodem na to, że nawet po śmierci arcybiskup nie zapomniał o Kłodzku i jego mieszkańcach.

W 1562 r. świątynię przejęli protestanci. Katolickie nabożeństwa joannitów w tym czasie odbywały się tylko w kaplicy Św. Jakuba i w nawie południowej kościoła. Jednak już pod koniec XVI w. do Kłodzka sprowadzono jezuitów, którzy rozpoczęli intensywną akcję rekatolizacji. W 1624 r., dzięki poparciu cesarza Ferdynanda II Habsburga wykupili oni kościół i komandorię od coraz mniej popularnych w mieście joannitów. Od razu podjęli też intensywne działania, nie tylko w sferze duchowości, ale także przygotowali bogaty program architektoniczny. Oprócz prac w kościele parafialnym, wiele uwagi poświęcili wznoszonemu przy farze konwiktowi i kolegium. Cały plan składał się niejako z dwóch etapów. Podczas pierwszej barokowej przebudowy wybudowano m.in. trzy kaplice z zakrystią w nawie południowej oraz Kaplicę Zmarłych która przylega bezpośrednio do nawy północnej. W rodzinnej krypcie pochowany tam został jej fundator hrabia Montani z Ołdrzychowic. Dodatkowo kłodzcy jezuici sprowadzili północno-włoskich sztukatorów, którzy w latach 1660-1670 przeprowadzili modernizację wnętrza.

Drugi etap wystroju kościoła nastąpił w I poł. XVIII w. Powstały wtedy główne elementy wystroju kościoła, które zachowały się po dzień dzisiejszy: ambona, ołtarze, chór organowy i konfesjonały. Okres ten charakteryzuje się zwłaszcza doskonałą rzeźbą, której wiele możemy podziwiać w kościele parafialnym. Wśród artystów wykonujących pracę na zlecenie kłodzkich jezuitów czołowe miejsce zajmuje Michał Klahr Starszy. W latach 1717-1725 wykonał on m.in. pojedyncze rzeźby, ambonę, konfesjonały oraz dekorację ornamentową i figuralną prospektu organowego. Sam artysta pochodzący z Ziemi Kłodzkiej rzeźby uczył się w warsztacie przybyłego z Austrii Karola Sebastiana Flackera. Tradycję warsztatu klahrowskiego podtrzymywali również jego kolejni potomkowie, aż do pocz. XIX w. Jeżeli chodzi o sam kościół parafialny Wniebowzięcia NMP to po skasowaniu zakonu jezuitów w 1776 r. dostał się on pod patronat Królewsko-Pruskiego Zarządu Szkół. Pod wojskowo-administracyjną władzą pruską przez dłuższy okres pomniki architektury sakralnej pozostawione były własnemu losowi. Dopiero w 1814 r. po restytucji zakonu świątynią na nowo zaopiekowali się jezuici, którzy pozostają w niej do dnia dzisiejszego. W pięćsetletnią rocznicę śmierci zasłużonego fundatora Arnosta przeniesiono rozpadający się nagrobek arcybiskupa z nawy głównej, stawiając go w północnej nawie bocznej. Nieco wcześniej w latach 1836-1841 dokonano renowacji kościoła.