Dieses wunderschöne Gotteshaus ist eine der ältesten noch erhaltenen Kirchen von Kłodzko. Betrachtet man die prachtvolle Architektur, Dekoration und Inneneinrichtung, wird man zum Zeugen der spannenden Geschichte dieses Gebäudes.

Die ersten Erwähnungen eines Kirchengebäudes an diesem Ort stammen aus dem Jahr 1194. Vermutlich handelte es sich dabei jedoch um eine sehr bescheidene Holzkirche. Den Grundstein für das heutige Gebäude legte der Kłodzkoer Souveräne Malteserorden im Jahr 1344. Das Glatzer Land, das damals Teil des Königreichs Böhmen war, befand sich zu dieser Zeit in dem neu geschaffenen Prager Erzbistum. Der eigentliche Bau der Kirche begann jedoch erst nach dem Tod ihres Hauptstifters – des ersten Prager Erzbischofs Ernst von Pardubitz. Auf dem Sterbebett vererbte er 1364 eine bedeutende Geldsumme für den Weiterbau der Kirche. Das wechselvolle Schicksal, unablässige Kriege und Brände, die die Stadt heimsuchten, trugen dazu bei, dass sich der Bau der Kirche stets in die Länge zog. Bis zu den Hussitenkriegen wurden die Wände der dreischiffigen Basilika hochgezogen. Die Arbeiten wurden 1462 wieder aufgenommen. Damals wurde mit dem Bau des südlichen Biała-Turms begonnen. An dessen Außentreppe überdauerte bis heute das Zeichen des Malteserkreuzes und das Datum 1465. Tatsächlich endete der Bau jedoch drei Jahre später. Mit dem Bau des Nordturms - Czarna - wurde 1487 begonnen, er wurde jedoch erst im 16. Jahrhundert beendet. Auf den Charakter der Architektur und der Innenausstattung des Gotteshauses von Kłodzko hatten also die Spätgotik und vor allem der Barock den größten Einfluss.

Mit Ernst von Pardubitz, dem Hauptstifter der Pfarrkirche, war eine Reihe von Legenden verbunden. Er wurde von den Bürgern von Kłodzko für einen Heiligen gehalten, obwohl er nie heiliggesprochen wurde. In seiner Jugend, als er die Johanniter-Schule in Kłodzko besuchte, war er anscheinend der Zeuge eines Wunders, das sein Leben für immer veränderte. Der junge Ernst prahlte als Sohn eines Kastellans von Kłodzko mit seiner Herkunft. Während eines Gottesdienstes, als er mit seinen Freunden die Hymne "Salve Regina" sang, sah er die Statue der Heiligen Mutter auf dem Hauptaltar ihr Gesicht von ihm abwenden. Der Legende nach erfuhr der spätere Erzbischof damals eine geistige Veränderung und wurde zu einem großen Anbeter der Mutter Gottes.

Wunder gab es angeblich auch nach seinem Tod. Der Erzbischof wurde nach seinem eigenen Wunsch in der Fürstenkrypta der von ihm gestifteten Kirche Mariä Himmelfahrt begraben. Auf dem Fußboden über der Krypta wurde ein in Sandstein gehauenes Grabmal gestellt, das die Gestalt von Ernst darstellt. Es wurde auf die Tumba aus rotem Marmor gesetzt. Bald jedoch barst das gerade gesetzte Grabmal unter mysteriösen Umständen. Die Zeitgenossen waren überzeugt, dass dies das Ergebnis einer übermenschlichen Kraft war. Dazu begann im Jahr 1468 aus dem Grabstein des Erzbischofs ein geheimnisvolles Öl auszutreten. Anscheinend besaß es geheimnisvolle Eigenschaften: es roch angenehm, brannte nicht und schwamm nicht auf dem Wasser. Die Bürger von Klodzko hielten diese Eigenschaften für ein Wunder. Es gab so viel davon, dass die Einwohner es mit Esslöffeln in Gefäße füllten. Für die Katholiken von Kłodzko war es eine sehr schwierige Zeit, denn zu dieser Zeit gab es im Glatzer Land weder Gottesdienste noch Begräbnisse oder Predigten. Die Stadt war mit einem Bann belastet, mit dem der Papst König Georg von Podiebrad belegt hatte. Er war Hussit und Eigentümer der Grafschaft Kłodzko. Das wunderbare Öl war für die Bewohner der Beweis dafür, dass der Erzbischof auch nach seinem Tod Kłodzko und seine Bewohner nicht vergessen hatte.

1562 wurde das Gotteshaus von Protestanten übernommen. Zu dieser Zeit fanden die katholischen Gottesdienste der Johanniter nur in der Kapelle des heiligen Jakob und im südlichen Kirchenschiff statt. Bereits Ende des 16. Jahrhunderts wurden jedoch die Jesuiten, die eine intensive Rekatholisierungskampagne begannen, nach Kłodzko geholt. 1624 kauften sie dank der Unterstützung des Kaisers Ferdinand II. von Habsburg die Kirche und die Kommende von den in der Stadt immer weniger populären Johannitern. Sie unternahmen auch sofort intensive Maßnahmen, nicht nur im geistigen Bereich, sondern bereiteten auch ein umfangreiches Architekturprogramm vor. Neben den Arbeiten in der Pfarrkirche schenkten sie dem an der Pfarrkirche erbauten Konvikt und dem Kolleg viel Aufmerksamkeit. Der gesamte Plan bestand gewissermaßen aus zwei Abschnitten. Beim ersten barocken Umbau wurden unter anderem drei Kapellen mit der Sakristei im Südschiff und die Totenkapelle, die direkt an das Nordschiff angrenzt, errichtet. In der Familienkrypta wurde ihr Stifter, Graf Montani aus Ołdrzychowice (Ullersdorf), begraben. Außerdem holten die Jesuiten aus Kłodzko norditalienische Stuckateure herbei, die in den Jahren 1660-1670 die Modernisierung des Innenraums durchführten.
Die zweite Etappe der Dekoration der Kirche fand in der ersten Hälfte des 18. Jhs statt. Zu dieser Zeit wurden die wichtigsten Elemente der Kirchenausstattung geschaffen, die bis heute erhalten sind: die Kanzel, Altäre, der Orgelchor und Beichtstühle. Diese Periode zeichnet sich insbesondere durch hervorragende Skulpturen aus, die in der Pfarrkirche bewundert werden können. Untern den Künstlern, die im Auftrag der Jesuiten aus Kłodzko Arbeiten durchführten, spielte Michael Klahr der Ältere die Hauptrolle. In den Jahren 1717-1725 fertigte er unter anderem Einzelskulpturen, die Kanzel, Beichtstühle sowie eine Ornamenten- und Figurendekoration des Orgelprospekts an. Der Künstler selbst, der aus dem Glatzer Land stammte, erlernte die Bildhauerei in der Werkstatt von Karl Sebastian Flacker, der aus Österreich kam. Die Tradition der Werkstatt von Klahr wurde von seinen weiteren Nachkommen bis Anfang des 19. Jahrhunderts fortgesetzt. Was die Pfarrkirche Mariä Himmelfahrt anbetrifft, so kam sie nach der Auflösung des Jesuitenordens im Jahre 1776 unter die Schirmherrschaft des Königlich Preußischen Schulamts. Unter der militärisch-administrativen Macht Preußens blieben Denkmäler religiöser Architektur lange Zeit ihrem eigenen Schicksal überlassen. Nach der Restitution des Ordens konnten sich die Jesuiten erneut um das Gotteshaus kümmern; bis zum heutigen Tag sind sie hier geblieben. Anlässlich des fünfhundertjährigen Todestages des angesehenen Gründers Ernst wurde das verfallende Grabmal des Erzbischofs aus dem Kirchenschiff versetzt und im nördlichen Seitenschiff aufgestellt. Etwas früher, in den Jahren 1836-1841, wurde die Kirche renoviert.